Muzeum Okręgowe w Toruniu gromadzi, chroni, opracowuje i udostępnia powierzone dobra dziedzictwa kulturowego: dzieła sztuki oraz zabytki kultury materialnej i niematerialnej. Cel ten realizuje poprzez prezentację zbiorów na ekspozycjach stałych, wystawach czasowych, organizację imprez i różnorodnych wydarzeń kulturalnych, prowadząc badania naukowe oraz działalność edukacyjną, popularyzatorską i wydawniczą.

Muzeum jest nie tylko depozytariuszem pamięci o przeszłości, ale również aktywnie uczestniczy w procesie kształtowania świadomości historycznej, postaw estetycznych i społecznych ludności.

W duchu współpracy i wielokulturowego dialogu buduje regionalną, narodową oraz europejską tożsamość Torunia, regionu i  jego mieszkańców.

W tym celu Muzeum współdziała z jednostkami administracji państwowej, samorządu terytorialnego, osobami fizycznymi, instytucjami, urzędami i firmami oraz uczestniczy w stowarzyszeniach muzealnych i regionalnych.